Urodzony w 1944 roku w Spytkowicach, k. Oświęcimia. Studiował malarstwo i grafikę w Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie, 1961 -1968, i w Ecole Nationale Superieure des Beaux Arts w Paryżu, 1967. Dyplom uzyskał w 1968 roku. Obecnie jest profesorem w Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. W 1980 roku był stypendystą Rządu Francuskiego, w 1982 roku stypendystą Fundacji Kościuszkowskiej w Nowym Jorku. W 1993 otrzymał stypendium Fulbright'a i odbył staż naukowy oraz prowadził zajęcia na Wydziale Sztuki w New York Institute of Technology w Nowym Jorku. W 1992 prowadził zajęcia w Uniwersytecie Stanu Connecticut w Storrs. Jest wieloletnim członkiem ZPAP, oraz członkiem "Grupy Krakowskiej". Profesor i dwukrotny Rektora Akademii Sztuk Pięknych im. Jana Matejki w Krakowie. Uzyskał wiele nagród, zwłaszcza za twórczość graficzną. Uprawia malarstwo, grafikę i media elektroniczne. W 2003 roku - Nagroda im. Witolda Wojtkiewicza za wystawę malarstwa „Obiekty geometryczne – retrospekcja” w Starmach Gallery. Kluczowym okresem w twórczości Jana Pamuły były lata siedemdziesiąte, kiedy zwrócił się ku abstrakcji geometrycznej. Jego ówczesne poszukiwania miały na celu zbudowanie "jednolitej, uniwersalistycznej wizji rzeczywistości". Owo budowanie oznaczało w praktyce wykorzystanie roli przypadku w tworzeniu układów geometrycznych. Statystyka matematyczna oparta na rachunku prawdopodobieństwa wykorzystuje tutaj rzut kostką, działanie komputera lub tablice liczb przypadkowych.  Sztukę Pamuły porównano między innymi do Mondriana , choć neoplastycyzm tego ostatniego wywodził się z innych przesłanek teoretycznych. Bliższy artyście wydaje się suprematysta Malewicz czy też właśnie Paul Klee. W swoich rozważaniach teoretycznych powołuje się na "Das bildnerische Denken Klee" jako niewyczerpane "źródło wiedzy na temat formy plastycznej i istoty artystycznej twórczości".